自交在生物學上有多種作用，主要包括：
自交可以加速基因的純合過程。這意味著在自交過程中，雜合體會迅速減少，甚至趨於零，最終純合體的頻率等於它們相應的基因頻率。這個過程會導致群體基因型平均值的降低，而且自交對群體均值的影響程度與近交係數、顯性程度以及基因頻率三個因素呈正比。
自交有助於分離隱性基因或用於選育優良品種。例如，通過不斷自交可以提高如小麥抗病品種的純合度。
自交在育種過程中是一種重要手段。通過自交和人工選擇，可以保留理想的純合體並淘汰不理想的純合體，從而加大群體間的基因頻率差異，提高雜種優勢。