自製硝化菌可以通過多種方法進行培養，以下是一些常見方法：
塑膠桶法。使用塑膠桶、增氧泵、魚飼料、無病害的活魚蝦、PH測試設備和小蘇打。在桶中裝入乾淨的水，將魚蝦宰成幾塊放入桶中，開啟增氧泵進行曝氣。在20多天的氣溫或30到40天的較低氣溫下，魚肉腐爛後，水質會變得清澈，此時硝化菌培養完成。在此過程中，需定期測試並調整PH值，保持PH值在7.3以上，但不超過8.5。
死蝦法。在新魚缸中放入幾隻死蝦，過幾天後將其撈出。蝦會在水中分解，為硝化細菌提供食物，促進其生長。水質變得渾濁後再次變得清澈時，硝化細菌培養完成。
魚類犧牲法。將幾條無病的金魚或鯽魚放入容器中，等待它們自然腐敗。在此過程中，水質會先變渾濁後變得清澈，這時硝化細菌培養完成。
蛤蜊法。將蛤蜊肉放入保特瓶中，加入RO水或礦泉水，然後密封。一周後，瓶中的水即為硝化細菌。
實驗室培養法。準備硝化細菌培養基，接種硝化細菌純培養物，然後在適宜條件下進行培養。需專業知識和設備。
每種方法都有其優缺點，可根據具體條件和個人偏好選擇合適的培養方法。