《與諜同謀》的大結局主要圍繞幾個關鍵人物和事件展開：
少傑與晞文的關係：少傑找到晞文，但晞文表示不想與他在一起。
君臨的病情：君臨向敏莉透露自己患有腦癌，希望敏莉能完成他的心願。
敏莉的行動：敏莉收到晞文辭職和少傑請假數天的訊息，趕回公司了解情況。同時，君臨因頭痛發作昏迷不醒，少傑感到奇怪為何君臨沒有與他分享這一信息。
戴董的生日宴：一凡、啟豪和敏莉出席了戴董的生日宴。敏莉收到君臨入院的訊息，一凡也得知了這一信息。
永棠的行動：永棠在南哥的幫助下返回香港。敏莉在接受訪問時透露美世代與生物科技公司的合作，導致股價急升。永棠企圖控制敏莉，一凡指示啟豪向敏莉遊說，建議敏莉遵從一凡以保住主席位置。
少傑的營救：京生告知少傑敏莉被一凡和永棠脅逼的情況。少傑被永棠手下帶走，凌晉目睹後跟蹤並救走少傑。凌晉與信輝、志仁和佩瑜會合。
股東大會：一凡脅逼敏莉舉行股東大會，宣布與南哥的公司合作，以及擱置與TKC的合作計劃。少傑闖進發布會，播出藏於永棠身上偷聽器的錄音聲帶，股民譁然。少傑宣布已有美世代一成股權，向公眾宣布收購他們的股票以阻止三人蠶食美世代。此時，晞文出現。
以上是《與諜同謀》大結局的主要情節概述。