辨別菩提根真偽的方法有多種，包括：
聽聲音。真品的菩提根無論是盤玩還是繞指柔，聲音會比較厚重；而塑膠或玻璃材質的假品聲音多數是清脆的。
看重量和手感。菩提根是貝葉棕的種子，戴在手上或盤玩時會有一些墜手感，而塑膠制的假品重量較輕。
觀察含油量和色澤。真品的菩提根盤玩兩到三天後，珠子表面會變得油亮；而假品則不會有明顯變化。真菩提根的色澤由內到外，均勻且自然，人造產品的色澤呆板、不均勻，甚至掉色。
用火燒。真菩提根燃燒後會有爆米花的香味，而塑膠或玻璃製品則分別會有刺鼻的味道或沒有任何變化。
測孔道。使用工具從孔道裡面可以刮下碎末，手也可以碾碎；而假品則不會刮下來或即使刮下來也不能碾碎。
看價格和顏色。菩提根的價格主要取決於原料和工藝，價格過低的可能為假品；真品的顏色主要為綠色、白色和米黃，市場上其他顏色的可能是染色的。
觸摸法。真菩提根摸起來會有黏黏的手感。
針扎法。用一根燒紅的鋼針扎一下打孔的地方，塑膠會有塑膠的臭味並粘住針頭。
以上方法綜合使用可以更準確地判斷菩提根的真偽。