菲莉絲的鍊金工房主要講述了主人公菲莉絲和夥伴們為了實現成為鍊金術士的夢想，在尋求成為鍊金大師的道路上展開的冒險故事。在這個過程中，他們遇到了各種挑戰和困難，但最終通過團結、友誼和勇氣，克服了這些困難，並獲得了成長。
在故事中，菲莉絲和夥伴們逐漸發現，鍊金術並不是單純的化學實驗，而是一種通過理解自然規律和生命的奧秘，實現物質與精神之間交流的方式。同時，故事也涉及到各種人際關係、友誼、家庭和愛的問題，以及社會等級、種族、性別和價值觀等多元主題。
總的來說，菲莉絲的鍊金工房講述了一個充滿冒險、成長和探索的故事，通過鍊金術的奇幻背景，探討了人性的各種面向。