蛋白質的保存方法主要取決於其形式和所需穩定性。液態蛋白質的保存方法包括：
低溫保存。蛋白質對溫度敏感，尤其在高溫下穩定性較差。大多數蛋白質在標準冰箱溫度下（約-5°C至-10°C，有時可達-20°C）冷凍保存較爲理想，可以保持活性數月甚至數年。但要注意，不是所有蛋白質都適合低溫保存，例如某些抗體在冰凍後可能會完全變性。
穩定pH值保存。多數蛋白質只在特定的pH值範圍內穩定，超出這個範圍會迅速變性。保存液態蛋白質樣品時，應將其置於穩定的pH環境中。
高濃度保存。液態蛋白質在濃溶液中較爲穩定，因此保存時應避免過於稀釋。
冷藏。例如人血白蛋白，通常在2°C至8°C的溫度下冷藏以保持其穩定性和活性。冷藏過程中，應注意避免直接陽光照射，並使用不透明容器或遮光材料進行包裝。
密封包裝。使用玻璃瓶或塑料瓶密封包裝，以確保密封性和防止污染。
避免反覆凍融。反覆冰凍和融化通常會導致蛋白質變性，應儘量避免。
對於特定類型的蛋白質，如白蛋白，還需要注意溫度控制，不超過25°C，避免冰凍，因爲溫度低於0°C時可能會結冰。此外，擁有“冷鏈技術”可以確保蛋白質在整個運輸和儲存過程中的溫度穩定，從而保持其藥性穩定。總之，在純化獲得蛋白質到使用之前的期間內，保持蛋白質理化性質的穩定至關重要。