豆腐的製作原理主要涉及大豆蛋白的凝聚和沉澱過程。具體來說，就是將大豆浸泡、磨漿、除渣後加熱得到豆漿，豆漿中的蛋白質形成膠體顆粒，這些顆粒表面帶有電荷，相互排斥，不易結合沉澱。在豆漿中加入滷水（或石膏）等凝固劑，這些凝固劑中含有電解質，能破壞蛋白質顆粒間的排斥作用，使它們聚集沉澱，形成凝膠體。滷水（主要成分為氯化鎂和硫酸鈣）或石膏中的離子與蛋白質發生反應，促使蛋白質分子凝聚，從而形成豆腐腦。接著通過進一步的水分擠出和成型處理，最終得到堅實的豆腐。
不同凝固劑和不同的處理條件可以使豆腐具有不同的質地和口感。