辜姓的起源主要有兩種說法：
源於子姓。唐朝時期，江南道觀察使林正因其治理有功，受到唐太宗的賜姓。林正原姓林，是殷商比乾之子林堅的後裔，閩晉安林氏始祖林祿的十三世裔孫。在江南發生旱災時，林正私自開官倉賑濟饑民，因此被唐太宗誤解並欲加罪。後經調查，唐太宗了解到林正的清白，遂賜其姓為「辜」，意為「辛苦」。此後，林正的子孫以「辜」為姓，形成了辜姓的一支。
源於媯姓。宋朝時期，福建廈門同安的陳姓漁民因避難改姓為辜。
此外，還有說法提到辜姓來源於官職稱謂，西周時期負責宗室祭祀活動中的牲畜宰殺、處置的官員，其官職稱謂被用作姓氏。辜姓還有其他的來源說法，但以上兩種是最主要的。