貨櫃運費計算主要依賴於以下幾個因素：
整批貨物運費計算公式。整批貨物運費=噸次費（元/t）×計費重量（t）+整批貨物運價（元/(t.km)）×計費重量（t）×計費里程（km）+貨物運輸其他費用（元）。
零擔貨物運費計算公式。零擔貨物運費（元）=計費重量（kg）×計費里程（km）×零擔貨物運價（元/kg.km）+貨物運輸其他費用（元）。
貨櫃運費計算公式。重（空）貨櫃運費（元）=重（空）箱運價（元/(箱.km)）×計費箱數（箱）×計費里程（km）+箱次費（元/箱）×計費箱數（箱）+貨物運輸其他費用（元）。
計時包車運費計算公式。包車運費（元）=包車運價（元/t.h）×包用車輛噸位（t）×計費時間（h）+貨物運輸其他費用（元）。
對於國際集運，運費的計算通常與包裹的重量和體積密切相關，對於輕而大的物品，可能會根據體積重量計算，即使實際重量較輕，由於體積較大，也會按照較高的體積重量標準計算運費。此外，目的地國家、運輸方式以及特殊服務的選擇都會影響運費，不同國家之間的運費標準可能存在差異，如選擇國際快遞、國際專線等不同的運輸方式。特殊服務如保險、上門取件等通常會額外收費，還需要考慮額外的費用，如關稅、清關費等，這些費用通常由接收包裹的個人承擔。