頂層設計是一個源自工程學的概念，其含義隨著時間的發展和套用領域的擴展而演變。
頂層設計最初在工程學中用於描述在項目開始時對各層次和要素進行全面考慮和統籌規劃的過程，目的是從最高層次尋求問題的解決之道。這一過程強調系統論的套用，即從全局角度出發，對任務或項目的各個方面、層次和要素進行統籌規劃，以集中有效資源高效快捷地實現目標。
隨著時間的推移，頂層設計的概念被引入到其他領域，特別是在國家治理和社會管理中，其含義變得更加豐富和複雜。在國家層面，頂層設計指的是對改革或發展戰略的全面規劃和設計，涉及經濟、政治、社會等多個方面。它不僅僅是技術性的規劃，而是包括理念、目標、結構、功能、流程和資源等方面的系統規劃和設計，以實現最最佳化的效果。
例如，在國家發展規劃中，頂層設計涉及對經濟、社會、文化等方面的全面考慮和協調，以確保改革的順利推進和國家的長遠發展。在企業管理中，頂層設計則關注於企業的長遠發展目標、戰略規劃、資源配置等方面，以提升企業的競爭力和可持續發展能力。
總的來說，頂層設計強調的是從整體和全局的角度出發，對複雜系統或組織進行全面、協調的規劃和設計，以實現既定目標。