馬達加斯加面臨的主要疾病之一是鼠疫，這是一種由鼠疫桿菌引起的罕見且危險的疾病。馬達加斯加經常發生鼠疫疫情，其中大多數病例是肺鼠疫，這種類型的鼠疫致死率較高。馬達加斯加的鼠疫疫情在2017年和2018年間尤爲嚴重，其中2017年8月至11月期間報告了1947例鼠疫病例，包括143例死亡，主要類型爲肺鼠疫和腺鼠疫。爲了控制疫情，馬達加斯加政府採取了多項措施，如大學停課、禁止公衆集會和暫停探監等。
此外，馬達加斯加還面臨麻疹的威脅，這是一種高度傳染性的病毒性疾病，主要通過飛沫傳播。受感染的大部分是兒童，症狀包括髮熱、上呼吸道炎症、咳嗽、結膜炎等，嚴重時可能引發肺炎甚至致人死亡。
其他類型的疾病還包括皮膚鼠疫、腦膜腦炎型鼠疫、眼型鼠疫、腸炎型鼠疫和咽喉型鼠疫等，這些類型的症狀和嚴重程度各不相同。