鯨鯊是一種濾食性動物，主要以浮游生物、磷蝦、小型自遊動物、巨大的藻類、魚卵和蟹幼蟲爲食。 鯨鯊會張開大口，讓海水流過嘴巴，從而將食物連同海水一起吸入，再利用鰓耙將海水過濾掉，只留下食物。這種獨特的進食方式讓鯨鯊可以有效地捕食大量的浮游生物。