鳥巢禪師的故事主要涉及到一位名叫慧則的僧人。慧則在年輕時曾拜訪鳥巢禪師，並向他請教佛法。鳥巢禪師在回答他的問題後，讓他在寺院附近的一棵古松下挖一個洞，並在洞中住上一段時間。慧則遵守了鳥巢禪師的指示，並在古松下住了一段相當長的時間。在這個期間，他反觀自照並觀照內心的狀態，領悟到了很多禪的奧妙。當他的父母找到他並想把他帶回家時，慧則把鳥巢禪師的勸誡告訴他父母，使他們理解他為何選擇這樣住下。經過一段時期的反省與思考，他的父母也理解了他的決定，並尊重了他的選擇。最終，慧則成為了一位有成就的僧人，並把鳥巢禪師的智慧傳授給了後來的弟子。
以上就是鳥巢禪師故事的主要內容，這個故事強調了禪修的重要性，以及通過反觀自照和觀照內心的狀態來領悟禪的奧妙。