黃藥師的死因與他的妻子馮蘅有關。馮蘅因默寫《九陰真經》經文，心力交瘁，難產而死，她這麼做目的是爲了讓黃藥師開心。馮蘅的死，成了黃藥師最大的心結，令他愧疚數十年。因此，黃藥師選擇了殉葬，他駕船出海，與妻子一齊葬身萬丈洪淘之中。