在《黑2》二周目中，劇情和挑戰較為分散，主要包括：
劇情線索。玩家會接到一系列任務，包括與勁敵的妹妹相遇，探索新的地區，以及與等離子團的追蹤等。
地圖和角色。玩家需要前往飛雲市，通過天箭之橋到達矢車森林，在那裡會遇到切林並一起調查等離子團的蹤跡。在深處，玩家會遇到七賢人之一的阿斯拉，之後可以探索新的地區並遇到新的NPC角色。
戰鬥挑戰。包括在夢之跡地與拉迪歐斯/拉帝亞斯的戰鬥，源初之山的挑戰等。在這些挑戰中，玩家需要面對不同等級的對手，包括巨鉗螳螂、重甲暴龍等，以及最終的赤日精靈和蓋奇斯精靈挑戰。
特殊獎勵。完成特定任務和挑戰後，玩家可以獲得技能機器和特殊道具，如技能機器69、技能機器75、技能機器85等。
回憶劇情。如果與黑白版本進行過聯動，可以觸發與暗之三位一體交戰的回憶劇情，以及了解前作主角的故事。
總之，《黑2》二周目提供了豐富的劇情、戰鬥挑戰和特殊獎勵，等待玩家去探索和完成。