4399拳皇遊戲的玩法主要包括以下幾個方面：
基礎操作。使用方向鍵進行人物的移動，如左、右、上、下。進行防禦時按住後衛鍵(S)可以減少對方攻擊的傷害。攻擊方式包括普攻和特殊攻擊，使用普攻鍵(A)進行普通攻擊，特殊攻擊需要使用特殊攻擊鍵(B、C、D)進行，如拋投、大招等。
進階操作。通過組合普攻和特殊攻擊可以進行連招，注意攻擊間隔和時機以避免被反擊。連招分為輕招連和重招連，輕招連使用普攻鍵，重招連使用特殊攻擊鍵。
高級操作。如反擊、空中連招等。反擊是在對方攻擊時使用後衛鍵配合普攻或特殊技能進行反擊。空中連招則在跳躍狀態下使用普攻和特殊招式。
遊戲模式。遊戲提供單機闖關和多人對戰模式。單機遊戲模式下，玩家可以與電腦對戰提升技巧；多人對戰模式則支持玩家間通過藍牙配對進行對戰。
角色選擇和組合。玩家可以選擇自己喜歡的角色進行戰鬥，如草稚京、八神庵等。可以給自己隊伍選定3個成員，並排定上場次序。
操作設定。遊戲提供了個性化的操作設定，可以調整按鍵大小、透明度等，還可以自定義按鍵位置。
練習模式。提供練習模式，供玩家不斷進行練習，提升技能。
此外，4399拳皇遊戲還提供了豐富的遊戲環境和設定選項，例如可以通過設定調整遊戲難度、視頻設定、音效開關等。玩家還可以通過SP編輯設定快捷使用角色的技能組合。