《Crysis 2》的故事劇情可以概括為：在新的冒險中，玩家扮演的狙擊手楠一將探索全新的現代城市，並與一群來自外星的外星人合作，為了生存和保護人類的未來而戰鬥。
遊戲中，楠一因一次意外被警察局隔離，在孤身一人無法證明自己的清白之後，他開始在這個充滿危險的城市中探索。隨著劇情的推進，楠一將了解到外星人的真相和意圖，以及他們的技術和武器。他將利用他的技能和工具，與外星人進行對抗，並揭示隱藏在這個城市背後的秘密。
此外，楠一還可以利用他自己的技能和外在的科技裝置，包括能量武器和獨特的載具，與各種外星人敵人進行戰鬥。這個故事涉及到很多人類面臨外星威脅的情節和問題，以及人類的道德、正義和生存等問題。玩家在遊戲中需要使用戰略和技能來保護自己和城市，同時揭示隱藏在故事背後的深層含義和哲學思考。