FPKM值，即Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments，是一種用於量化基因表達水平的度量單位。它表示每千個鹼基的轉錄每百萬映射讀取的fragments。具體來說，FPKM值計算的是片段（fragments），而不是數據（reads）。
例如，如果有1000個reads映射到了某個基因上，總reads個數有100萬，而該基因的外顯子總長為5kb，那麼它的FPKM值計算如下：
\[ \text{FPKM} = \frac{10^9 \times 1000}{10^6 \times 5000} = 200 \]
這個值反映了基因的表達水平。與RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）相比，RPKM計算的是數據（reads），而FPKM計算的是片段（fragments）。
通過這種方式，FPKM值提供了一個標準化的方法來比較不同基因或不同條件下的基因表達水平，使得數據更加可靠和可比。