GeneXpert的工作原理主要基於聚合酶鏈反應（PCR）技術，具體步驟如下：
樣本處理：首先，樣本（如體液、環境樣本等）經過處理，以分離出需要分析的分析物，如核酸。
PCR擴增：在GeneXpert系統中，通過溫度控制模組對PCR管進行加熱或冷卻，以控制PCR反應的條件。這一過程使得目標核酸序列得以擴增。
實時檢測：擴增過程中，GeneXpert利用光學檢測模組收集螢光信號，實時監測PCR產物的生成。
結果分析：系統軟體分析收集到的螢光信號，從而判斷樣本中是否存在目標核酸序列，並給出結果。
GeneXpert是一種盒式檢測控制儀器，它結合了螢光檢測和熱循環控制系統，與一次性的檢測盒連線使用，使得整個檢測過程高效、自動化。