《拳皇XII》的故事是關於拯救世界的故事。從劇情上來講，故事比其他《拳皇》作品更具有水準。組隊後各位角色的故事都有交待，詳細到了一個角色中個別出招技能還有特別的介紹，從另一個方面體現了作品的精良製作。其副標題“another story”也不是白叫的，這個副標題不是講同伴之間相互爭鬥的故事，也不是講和世界進行戰鬥的故事，而是一個擁有另一種色彩的大亂鬥作品。它有著前作所沒有的、新的世界觀和情節。主角雖然仍然是隆和拉爾夫，但新角色們的全新故事也是不能錯過的看點。而且此次戰鬥系統所引發的新爭論，正說明本作更注重人與人之間的對戰和交流，與新角色之間的戰鬥將為玩家帶來全新的樂趣。
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