《合金裝備3：食蛇者》故事緊接前作，講述了腐敗與戰爭中各種無法預料的後果。在深入暗黑的地下世界的同時，MGS3的Snake再次讓全世界再次陷入混亂。 故事圍繞著Snake這個角色，以遊戲中的錯綜複雜的劇情以及利用玩家現實知識而設定的“遊戲源於現實”的謎題為核心。通過尋找事實真相與解開各種謎團，揭示了Snake與影子摩文等角色的過去，並揭示了整個故事背後的更大陰謀。
此外，MGS3中還引入了新的角色，如曾經在MGS1中露過面的老兵Rex，以及一位新角色Big Boss的舊友Nash。這些角色對故事的發展起到了關鍵性的影響，同時他們各自的過去和故事線也成為了遊戲故事的重要組成部分。
總的來說，《合金裝備3：食蛇者》是一個充滿緊張刺激的冒險故事，玩家在探索故事的同時，也需要通過各種策略和戰鬥技巧來應對各種挑戰。