《MGS5》的故事線相當複雜，主要由約瑟夫·摩根、普萊德、艾達·梅森和主角山姆·維克斯四個角色來展開故事 。
約瑟夫·摩根是一個腐敗的政客，利用犯罪集團掌管芝加哥的企業，將腐敗政治強加給市民。他的計畫險惡，導致了極其嚴重的後果。為了結束這一切，主角山姆·維克斯開始了行動。另一方面，艾達·梅森的過去被證明是整個遊戲劇情的重要線索。
在遊戲的後期階段，玩家甚至有機會選擇是否要殺死艾達，這也會影響後續劇情的發展。總的來說，《MGS5》的故事是相當引人入勝的，同時四位角色的互動也增加了故事的深度和複雜性。具體劇情還需要玩家們自行體驗。