《現代戰爭3》的故事發生在《現代戰爭2》之後的沙漠反恐行動中，講述了一個三角洲特種部隊的成員的故事，他厭倦了戰爭並希望結束一切，但最後發現這是一個更大陰謀的故事
。該遊戲通過刻畫主角人物性格，展現人物命運來反映戰爭的殘酷、崇高與悲哀，讓玩家體會戰爭的危害，引導玩家樹立正確價值觀。
《現代戰爭3：次時代版》除繼承原版“現代戰爭”的劇情與視覺設計外，SCE還邀請到資深編劇馬克·萊昂納在原版故事基礎上為遊戲增添全新的章節，使玩家在遊戲過程中可體驗到完整的故事線；此外，新版本的遊戲還加入了在線上功能，使玩家可與全球玩家進行線上競技。