Silent Hill 3的故事內容如下：
* 主角James在遊戲的開始就處於昏迷狀態，他醒來時被一位名叫Helen的女子收留，她建議James住進一個安全的地方調養。
* 在醫院附近的小酒館裡，James遇到了另一個病人泰迪，他向James講述了發生在Silent Hill的恐怖事件。
* 隨後，Helen帶著James來到一個被稱為“神的遊戲”的地下娛樂城，在這裡James遇到了他的妹妹Jessica。
* James和Jessica在Silent Hill中展開冒險，並尋找離開小鎮的方法。
* 在遊戲過程中，James逐漸揭開了小鎮隱藏的秘密，發現這個小鎮被神秘的能量場包圍，裡面充滿了各種可怕的生物和詭異的環境。
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