三三昧耶，也稱為三平等，主要有以下幾種含義：
心、智、悲三者平等為一：這是指自心、佛與眾生之三法平等，並無差別。身語意三密平等，自他共三平等，理行果三法，三寶、三身、三世、三因、三乘等各種三法平等，皆可謂三三昧耶。
佛、法、僧三者為一而平等：這是指佛、法、僧三者本來平等，故稱三三昧耶。
法身、報身、應身三者本來平等：這是指證悟心、佛、眾生三者為無二無別，此亦為三三昧耶之義。
胎藏三部三昧耶的印明：這是指入佛三昧耶、法界生、轉法輪等，出自《大日經》卷二〈具緣品〉。
三部三昧耶的略稱：這是指密教胎藏界的蓮華部三昧耶、金剛部三昧耶、佛部三昧耶三者。
以上各種含義，都是三三昧耶的不同解釋和套用。