「三令五申」的典故源自春秋時期著名的軍事家孫武。當時，吳王闔閭請求孫武用他的軍隊進行訓練演示，孫武同意後，吳王提出用宮中美女進行訓練。孫武將這180名宮女分成兩隊，由吳王最寵愛的兩位妃子擔任隊長，並詳細說明了如何根據命令進行動作。
在進行訓練前，孫武多次強調了紀律和命令的重要性，這就是「三令五申」的由來。然而，當孫武發出命令時，宮女們因不熟悉軍事訓練的要求而大笑起來，不予執行。孫武最初認為這是由於自己的解釋不夠清楚，於是再次詳細解釋了命令。
但當再次發出命令時，宮女們仍然不予理會，繼續大笑。這時，孫武意識到即使是解釋清楚，她們也不遵守命令。因此，孫武命令將兩位隊長（吳王的愛妃）斬首，以此嚴肅軍紀。吳王求情無效，孫武堅持認為在軍中應嚴格執行命令和紀律。
這個故事展示了孫武對軍事紀律的嚴格要求，以及他堅決維護紀律和秩序的決心。「三令五申」這一成語後來被用來形容再三強調或告誡某事。