丙二醇甲醚醋酸酯具有一定的毒性，對皮膚有腐蝕性和刺激性，可能引起皮膚炎症，導致接觸皮膚區域的腫脹、發紅和刺痛。如果進入眼睛，可能會引起刺痛和眼睛發紅等不適症狀。此外，丙二醇甲醚醋酸酯不易揮發，長時間暴露在其氣味中可能會引起頭痛、頭暈等呼吸系統不適。
健康危害方面，過多接觸可能會刺激眼睛，長期或經常性接觸可能會引發皮炎，如起水皰、裂口、水腫和/或皮膚發紅。食入該物質可能會引發眩暈、噁心和/或刺激。吸入濃度較大的該物質可能會引發頭痛、眩暈、神經混亂和/或噁心，長期吸入可能對腎臟有損傷。
短期接觸時，該物質可能刺激眼睛和呼吸道，高濃度接觸時可能導致中樞神經系統抑制。長期或反覆接觸時，液體可能使皮膚脫脂。
丙二醇甲醚醋酸酯被列為有害化學品，對環境也有危害，可能會對土壤、水源和空氣環境造成嚴重危害。