乙癸同源的主要理論依據是肝屬東方甲乙木，腎屬北方壬癸水，水生木，因此肝木為腎水之子，腎水為肝木之母，形成密切的母子關係。肝藏血，腎藏精，肝血可轉化為腎精，腎精也可轉化為肝血，有精血同源之說。肝腎之陽，同出於命門之火，肝陽即肝內相火，腎陽即為腎中元陽，也成為相火，二者皆依靠命門之火的溫充。在生理上，腎主藏精，腎精化生肝血，使肝臟陰血充盈，抑制肝陽上亢，維持肝陰肝陽動態平衡。肝主藏血，肝血充養腎精，以維持腎陰腎陽的平衡。在病理上，主要存在肝血不足、腎精虧虛互相影響。肝血虧虛，則腎精失養導致精傷；腎精虧虛，則肝血不盈，肝血虧虛，陰不制陽，則風陽內生，肝陽上亢。