九天玄女的故事有：
1. 傳授兵法給黃帝：在中華民族的歷史發展長河中，黃帝與炎帝兩部氏族聯盟聯合，經過阪泉之戰，戰勝了蚩尤。為了徹底消滅那些戰爭遺留下的禍患，黃帝常常深入民間，走訪勞動民眾，蒐集各方建議。在此期間，他曾與玄女洞中的九天玄女神討論兵法。
2. 助周穆王西王母治兵：有一次，周穆王坐駕車馬，從西邊到崑崙山拜訪西王母，向她討教治國安邦的靈丹妙藥。在回程途中，他遇到玄女洞的九天玄女，玄女向他傳授了兵法十三篇。周穆王用這些兵法訓練軍隊，很快就使軍隊的素質有了很大的提高。
此外，九天玄女的故事還有《三國演義》中的“黃巾起義”、“水滸傳”中的“九天玄女賜藥”等。這些故事都體現了人們對戰爭、智慧、正義和慈悲的追求和嚮往。