九牧的含義可以從以下幾個方面來理解：
九州之長：指的是主掌九州之人，即九州的地方長官。這一解釋源自於古代中國，其中「九州」代表中國的不同地區。例如，東漢末年的劉備曾擔任過豫州牧，這裡的「牧」就是指地方長官。
地方長官：在更廣泛的意義上，「九牧」也泛指地方首長，這一含義強調了「牧」在行政或管理職位上的套用。
九巫的誤解：有觀點認為「九牧」是對「九巫」的誤解，其中「巫」在粵語中讀作mou，後來音譯為「牧」。這種解釋指出，後人將「牧」理解為牧豬、牧羊、牧牛等意義上的牧，實際上是對原意的誤解。
綜上所述，「九牧」主要指的是主掌九州的地方長官，同時也泛指地方首長。對於「九巫」的解釋，雖然存在爭議，但更廣泛接受的解釋是將其視為對地方行政官員的稱呼。