五氟磺草胺的合成方法主要包括以下步驟：
以2-甲氧基乙酸甲酯為起始原料，與甲酸甲酯、甲醇鈉反應，得到3-羥基-2-甲氧基丙烯酸甲酯的鈉鹽，再與甲基異硫脲反應得2,5-二甲氧基-4-羥基嘧啶。
用三氯氧磷氯化得4-氯-2,5-二甲氧基嘧啶，隨後與水合肼反應得2,5-二甲氧基-4-肼基嘧啶。
用溴化氰環合得到3-氨基-5,8-二甲氧基【1,2,4】三唑並【4,3-c】嘧啶，再與甲醇鈉反應得到中間體2-氨基-5,8-二甲氧基-三唑並[1,5-c]-嘧啶。
與2-氟-6-三氟甲基苯磺醯氯反應，得到中間體2-氟-6-三氟甲基-N-(5,8-二甲氧基-【1,2,4】三唑並[1,5-c]嘧啶-2-基)苯磺醯胺。
再與2,2-二氟乙醇縮合即得到五氟磺草胺。
以上步驟中，中間體2-氟-6-三氟甲基苯磺醯氯的合成是以2-氟-6-三氟甲基苯胺為起始原料，將其與亞硝酸鈉、氯化亞銅及二氧化硫反應得到。