分子是物質中能夠獨立存在的相對穩定，並保持該物質物理化學特性的最小單元。
分子由原子構成，原子通過一定的作用力，以一定的次序和排列方式結合成分子。分子有一定的大小和質量，分子間有一定的間隔，並且在不停的運動。分子可以構成物質，並且在化學變化中可以被分成更小的微粒，即原子。
分子根據組成原子的種類和數目，以及分子結構的不同，可以表現為不同的物理和化學性質。例如，水分子(H₂O)是由兩個氫原子和一個氧原子組成，這是保持水特性的最小單元。通過電解或其他方法，水分子可以分解為氫原子和氧原子，但這樣得到的基本單元已與水分子的特性不同。
分子可以根據原子個數分為單原子分子、雙原子分子及多原子分子；按照電性結構可以分為有極分子和無極分子。不同物質的分子其微觀結構和形狀不同，通常將其理想化為球型模型，其直徑大小為10E-10m數量級，而分子質量的數量級約為10Ekg。