顯微鑑別是一種利用顯微鏡對藥物、中藥材、古董（文物）等對象進行鑑別的科學技術。
在藥物鑑定中，顯微鑑別用於觀察藥物內部的組織構造、細胞及細胞內含物的形態，描述其顯微特徵，並制訂顯微鑑別依據，以鑑定藥物的真僞和優劣。在中藥材鑑定中，每一種中藥材都有其特殊的結構，通過顯微鏡觀察中藥材的顯微結構，可以鑑別中藥材的真僞。在古董（文物）鑑定中，顯微鑑別法是用顯微設備來觀察陶瓷、銅器、玉器、書畫等古董（文物）表面的老化程度，從而對古董進行真僞鑑別。
進行顯微鑑別時，選擇的顯微鑑定的方法會根據鑑定材料的不同（如完整、破碎、粉末）和藥用種類及藥用部位的不同而有所區別。