飛行控制系統(Flight Control System,簡稱FCS)是一種用於控制飛行器（如飛機、無人機等）的複雜系統。
飛行控制系統的主要功能包括增加飛機的穩定性、維持飛機姿態、提高完成任務的能力與飛行品質、增強飛行的安全性和減輕駕駛員的工作負擔。它通過操縱飛機的各個操縱面（如升降舵、副翼、方向舵等）來實現飛行姿態和軌跡的穩定與跟蹤。飛行控制系統可以分爲兩大類：人工飛行控制系統和自動飛行控制系統。人工飛行控制系統主要依賴駕駛員通過駕駛杆和腳蹬來操縱，而自動飛行控制系統則不依賴於駕駛員的直接操縱，能夠自動完成控制任務。此外，飛行控制系統還可以通過外接設備如GPS模塊進行定位和導航，從而實現自動飛行。