《仙劍奇俠傳三》的故事發生在唐代仙劍派第三代弟子景天和唐門之女唐雪見之間，他們之間的愛情糾葛是整個故事的主線。故事中還穿插了其他角色，如徐長卿、紫萱、重樓等，他們各自都有自己的故事和情感糾葛。
故事開始於渝州唐門，唐門掌門唐坤的孫女唐雪見因唐門內部矛盾被逐出家門，機緣巧合下來到“神界天門”景天身上卻帶來了神界的修復與江湖安危的責任，原本意欲“拋頭露面”闖出一番天下以便完成“責任”的他並未直接出門前往蜀山卻只因偷偷跑出去玩一場誤闖鎖妖塔並命懸一線後便讓整修神界天門的責任就此落在了蜀山大弟子長卿身上。
故事最後，景天和雪見在人間過上了幸福的生活，而長卿也終於和紫萱在一起。重樓也因為他們的愛情而與景天成為知己。這是仙劍奇俠傳三的故事主線，也是一個感人的愛情故事。