仙跡岩的傳說故事較多，比較有趣的一個故事是說，仙跡岩因張三豐得名的。據說，當年張三豐沿著蘆葦水邊，從吉山白鷺林一直走到這裡，見到有兩位童子在看守一處煉丹遺址，但沒見到什麼仙跡，他就將這地方取名為仙跡岩。這個故事說的是該處“仙跡”乃因張三豐得名。另一個故事則描述了仙跡岩是由兩位仙女點化的。古時這裡有一位叫呂洞賓的仙人，他來到這裡後，看到這裡山清水秀，景色宜人，於是他便在蘆葦盪里住下來，並在此煉丹。一天，兩位仙女下凡，被呂洞賓的煉丹吸引，於是便在石壁上留下仙足印和手印，隨後便飄然離去。自此以後，這裡便有了仙跡。
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