催芽箱的工作原理主要是通過控制溫度、濕度和光照等環境因素，為種子提供最佳的生長環境，從而加速種子的發芽和萌發。以下是其詳細介紹：
溫度。催芽箱能夠維持種子發芽的理想溫度，一般每一種作物的種子都有發芽的最低溫度、最適溫度和最高溫度。在最低溫度以下時，種子萌發慢或不萌發；在最高溫度以上時，種子可能會燒芽或幼苗徒長不健壯；只有在最適溫度時，種子發芽才最佳。
濕度。催芽箱通過控制濕度，確保種子在吸水膨脹時有足夠的水分，從而促進種子的快速發芽和生長。
光照。催芽箱通常具有模擬自然光的照明系統，為種子提供必要的光照，促進種子的呼吸作用和細胞生長，從而加速種子的發芽過程。
此外，現代的催芽箱還可能配備微電腦自動控制系統，可以任意設定各實驗段的運行時間、溫度、照度等參數，實現實驗過程的精確控制，還具有超溫感測器異常保護功能，確保儀器和樣品的安全。