入台證的申請可以通過兩種途徑進行：
親自到常住戶口所在地的縣、市公安局出入境管理部門辦理有關手續。申請人需要準備以下材料：
身份證原件及複印件
戶口本原件及複印件
兩寸白或淺藍色背景免冠照片一張
填寫「北京市(或上海、廈門)居民往來台灣地區申請表」
通過旅行社或簽證公司代為辦理。申請人需要持有大陸居民往來台灣通行證，並將其交給有資質的旅行社，由旅行社幫助辦理入台證。
需要注意的是，入台證不能自己去公安局辦理，必須通過旅行社或簽證公司代為辦理。辦理地點沒有限制，任何城市的合法網路旅行社商店、簽證公司都可以辦理。