全國交通一卡通的使用方法主要包括以下幾個方面：
在公交、地鐵等交通工具上使用。將一卡通靠近收費機的感應區域，一般無需將卡片從錢包或手袋中取出，只需縮短感應距離即可完成付費。在地鐵進出站時，需要在進站和出站時各刷一次卡。在出租車上使用，到達目的地後，駕駛員會提示刷卡，將卡片放置在計價器的刷卡感應區即可。
在商戶進行支付。打開支付應用，選擇付款功能，並按照屏幕上的提示進行操作，如掃碼支付、NFC(近場通信)支付等。
在線支付。可用於購買商品、支付水電費等。在線支付時，選擇相應的支付方式（如支付寶、微信支付），輸入支付密碼或進行身份驗證，然後完成支付流程。
查詢卡內餘額。使用一卡通後，餘額通常會在收費機具或打印的單據上顯示，也可以到充值網點查詢。
此外，如果使用iPhone和Apple Pay，可以通過錢包應用添加銀行卡和交通卡（如嶺南通·羊城通），並進行充值。使用一卡通時，可能會有一些優惠，如每月使用不超過15次時享受折扣。具體的使用方法和優惠可能因地區和支付應用而有所不同。