當公司合併時，股東持有的股票可以採取不同的處理方式，具體取決於合併的類型和股東的選擇。以下是可能的處理方式：
股票轉讓：股東可以選擇將持有的股票轉讓。如果是記名股票，可以通過背書方式或其他法定方式轉讓；如果是無記名股票，則通過交付方式轉讓。
繼續享有股東權利：股東可以在合併後的公司繼續享有其股票所代表的權利。
合併後的註冊資本：合併後，註冊資本將增加，股東按照原來的持股比例合併到新的公司中。
股權評估與調整：在併購過程中，可能需要組建專業評估小組對公司資產進行清算，並確定新的註冊資本。根據併購後公司的發展和股東的貢獻，可能需要對股權進行重新設置。
退股：在某些條件下，股東可以要求退股，例如公司連續盈利但不分配利潤，公司合併、分立或轉讓主要財產等情況。
股東大會決議：公司合併時，需要召開股東大會並作出相應決議。合併協議需要由合併各方簽訂，並且公司應當通知債權人和在報紙上公告。
法律規定的程序：合併過程中需要遵守《中華人民共和國公司法》等相關法律規定。
綜上所述，公司合併時，股東的股票可以通過轉讓、繼續享有權利、按照持股比例合併到新公司、參與股權評估與調整、在特定條件下退股等方式處理。同時，合併過程需要遵循法律規定的程序和要求。