公安機關辦理行政案件程式規定主要包括以下幾個方面：
展示執法證件並向違法者口頭告知行政處罰決定的事實、理由和依據，同時告知違法者依法享有的陳述和辯護權利。
充分聽取違法者的陳述和辯護，並決定是否採納違法者提出的事實、理由或證據。
當場填寫處罰決定書並交給被處罰人，如果當場收繳罰款，還需填寫罰款收據交給被處罰人；如果不當場收繳罰款，則通知被處罰人限期到指定銀行繳納罰款。
此外，公安機關辦理行政案件的程式規定還包括辦理行政案件的基本原則、管轄權、以及在辦理案件中應遵循的特定要求，如尊重和保障人權、合法、公正、公開、及時處理案件，並且在辦理未成年人的行政案件時，應根據未成年人的身心特點來保障其合法權益。在少數民族聚居或多民族共同居住的地區，辦理行政案件時應使用當地通用的語言進行詢問，並為不通曉當地通用語言文字的當事人提供翻譯。公安機關及其人民警察在辦理行政案件時，對涉及的國家秘密、商業秘密或個人隱私應當保密。如果辦案中出現玩忽職守、徇私舞弊、濫用職權、索取或收受他人財物等行為，將依法給予處分；如果構成犯罪，將依法追究刑事責任。