共有序列（consensus sequence）是在一組相似的DNA或胺基酸序列中，每個位置上都由最常出現的殘基（鹼基或胺基酸）所組成的序列。這些序列可能互相之間非常相似但又不完全相同。共有序列通常存在於DNA分子上基因的啟動子、內含子中，含有一些核苷酸組成相近或相同的核苷酸片段，有利於RNA聚合酶的識別、結合以及基因重組中整合酶的結合。
在原核生物中，啟動序列的特定區域內（通常在轉錄起始點上游-10及-35區域）存在共有序列，這些序列決定啟動序列的轉錄活性大小。例如，大腸桿菌及一些細菌啟動子序列的共有序列在-10區是TATAAT，又稱Pribnow box，在-35區是TTGACA。