《刺客信條1》的故事發生在托勒密王朝，主要圍繞著年輕的刺客兄弟會成員艾齊多恩（後更名為艾雷丁·艾因扎蘭）展開。他試圖揭露統治埃及的馬其頓王朝的腐敗和暴行，同時努力成長為一位訓練有素、技藝高超的刺客。
遊戲的劇情分為三個部分：起源、列奧尼達斯之謎和達文西的刺客。在起源部分，艾齊多恩在尼羅河畔的村莊長大，接受了刺客的訓練，並逐漸發現了馬其頓王朝的腐敗真相。列奧尼達斯之謎部分則講述了艾齊多恩的祖先列奧尼達斯如何創立刺客兄弟會並制定信條的故事。最後，達文西的刺客部分則將遊戲的劇情與文藝復興時期的科學家、建築師李奧納多·達·文西聯繫起來，他似乎與刺客兄弟會有著千絲萬縷的聯繫。
此外，遊戲中的許多重要地點和人物也與歷史上的真實事件有關。例如，遊戲中的聖殿騎士大殿實際上是對歷史上真實的聖殿騎士大殿的致敬，而刺客信條1中的許多任務和地點也與古埃及的歷史和文化緊密相連。
總的來說，《刺客信條1》的故事融合了歷史、神話和神秘主義元素，通過艾齊多恩的成長曆程展現了刺客兄弟會的信仰和價值觀，同時揭示了托勒密王朝的腐敗和混亂。