中國科學院在北京的研究所有：自動化研究所、計算所、微電子研究所、高能物理研究所、遺傳與發育生物學研究所、生態中心、智能引領生活——自動化所舉辦第十二屆公衆科學日活動、遙感地球所、計算機網絡信息中心、科學史所、基因組所、理化所、地理資源所、天津工生所、工程熱物理研究所、國家納米科學中心、理化技術研究所、計算機網絡信息中心、文獻情報中心、數學與系統科學研究院、物理研究所、半導體研究所、聲學研究所、科技政策與管理科學研究所、計算技術研究所、國家空間科學中心、力學研究所、自然科學史研究所、遙感與數字地球研究所、地質與地球物理研究所、微生物研究所、生物物理研究所、動物研究所、國家動物博物館、植物研究所、信息工程研究所、中國古動物館、北京綜合研究中心(中科院北京懷柔科教園)、山西煤炭化學研究所、中國科學院天津工業生物技術研究所等。