十三爺被幽禁的原因主要有以下幾種說法：
太子請求謀殺鄭春華：太子胤礽擔心鄭春華對自己不利，請求老十三除掉鄭春華。老十三雖然答應了太子的請求，但他不忍心將鄭春華處死，於是用計謀讓鄭春華詐死。由於鄭春華身爲皇帝的女人，卻被皇子謀殺，自然要受到處罰。
剿滅江夏鎮事件的牽連：胤礽被複立太子之後，爲了鞏固自己的太子之位，決定得到由任伯安編寫的《百官行述》。老十三主管刑部，以他的名義命令年羹堯前去江夏鎮捉拿劉八女，拿回這本《百官行述》。但年羹堯在江夏鎮大開殺戒，殺了好幾百人，此次江夏鎮事件令朝野震驚，康熙皇帝爲了給大家一箇說法，也只能將老十三圈禁起來。
康熙爲了保全老十三：老十三是個大孝子，康熙皇帝對他很是看重，他還是個文武全才，而且他對皇位並沒有非分之想，無心當皇上。康熙爲了讓老十三成爲老四胤禛的得力臂膀，選擇了讓老十三被幽禁。
廢太子後的行爲：十三阿哥在廢除太子後的一些行爲讓康熙皇帝感到不快，最終他失寵並被圈禁。
以上四種說法都有可能成爲十三爺被幽禁的原因，但具體原因無從得知。