南京大學擁有多箇科系，包括但不限於以下幾類：
人文社科類。如歷史學系、考古學系、哲學系、社會學系、政治與行政管理學系、新聞與傳播學院、法學院等。
理工科類。如數學系、物理系、化學系、天文學系、大氣科學系、地質學系、生物學系、材料科學與工程系、計算機科學與技術系、電子科學與工程系、化學工程與技術系、環境科學與工程學院等。
醫學類。如基礎醫學系、臨牀醫學系等。
此外，南京大學還設有多箇學院，如文學院、理學院、化學化工學院、技術學院、地學院、環境學院、生命科學學院、醫學院、繼續教育學院、海外教育學院和基礎科學教育學院等。