南京的主要河流是秦淮河，它是中國長江下游右岸的支流。秦淮河的源頭有兩個，北源來自句容市的寶華山南麓，南源發源於南京市溧水區的東廬山。這兩條河流在南京市江寧區的方山埭西北村匯合，形成秦淮河幹流。秦淮河繞過方山，向西北流入南京市，橫貫南京主城，最終從西水關流出，注入長江。秦淮河在南京市境內占據大部分流程，是該市最大的地區性河流，對南京的航運和灌溉起到了重要作用，被譽為南京的「母親河」，並且是中國歷史文化名河之一。
除了秦淮河，南京還有其他河流和小溪。長江自安徽省東部入境南京，橫貫南京段，航程長約100公里。南京段兩岸有多個獨流入江的小河，其中南岸有十條小河，包括銅井河、江寧河、板橋河等；北岸有四條小河，如石磧河、高旺河等。