南京作為六朝古都，擁有眾多歷史悠久的寺院。以下是一些著名的寺院：
雞鳴寺。位於玄武區雞籠山，是南京最古老的梵剎之一，被譽為「南朝第一寺」。
棲霞寺。位於棲霞區，是中國四大名剎之一，也是南北朝時期中國佛教中心。
靈谷寺。位於紫金山，歷史可追溯至南朝梁武帝時期，是明朝佛教三大寺院之一。
靜海寺。位於儀鳳門明城牆外，靠近獅子山天妃宮，是朱棣為褒獎鄭和航海的功德下令建的皇家寺院。
毗盧寺。位於南京市中心玄武區，廟中供養毗盧遮那佛，是金陵名剎之一。
宏覺寺。位於江寧區，始建於南朝，是江南地區最大的地下宮殿之一。
定林寺。位於江寧區方山，距今有1500年歷史，是金陵四十八景之一。
大報恩寺。位於中華門外，是中國歷史上規模大而高的寺院之一，以琉璃寶塔著名。
清涼寺。位於清涼山，是南唐金陵首剎，以「解鈴還須繫鈴人」成語聞名。
此外，南京還有惠濟寺、玄奘寺、泰山寺等眾多其他著名寺院。