南京市的物流公司包括：
南京壹米滴答供應鏈管理有限公司。這是一家經南京市工商行政管理局批準註冊的專業物流供應鏈服務公司。它以「客戶選的、基於物流的綜合服務平台」為願景，提供包括「滴答到門」、「小票快運」、「大票零擔」和「整車業務」等服務。該公司致力於打造一個共生、共贏的物流生態圈，擁有強大的骨幹網，覆蓋31個省份，實現華東、華北、華南全面自營構建市場鐵三角，成員企業達11家，深入三至四線城市，擁有6320家網點、3800條線路、3100多台車輛、130個轉運集散中心、60多萬平米操作面積，一二級城市100%覆蓋，縣級區域86%覆蓋。
南京景馳達物流有限公司。該公司提供南京至全國整車零擔運輸服務，以及南京至東北三省、廣東、福建、四川、甘肅等方向的運輸服務。它以科學的管理、專業的規範化服務、合理的運輸價位和良好的企業信譽在中國物流行業活躍。景馳達物流承攬全國公路貨物運輸，迅速搭建起了一、二級城市貨物運輸市場，實現了全國城市之間縱橫交錯、真正立體化貨物快運。該公司可為客戶提供直接的門到站、門到門配送業務。
南京寧青物流有限公司。該公司創建於2001年，前身為南京市下關區王學南貨運部和南京寧青汽車貨運有限責任公司。它專業從事公路普通貨物運輸、貨櫃運輸、貨物倉儲、搬運裝卸、零擔配載、貨物代理和物流信息服務等。寧青物流是南京市交通運輸業的會員單位，具有標準化、規範化、網路化的物流行業領先管理模式。