南京三日游的自助游攻略如下：
第一天。從夫子廟秦淮河風光帶開始，上午參觀夫子廟，了解南京的歷史文化，下午前往秦淮河風光帶，享受南京的獨特韻味和美景，晚上在秦淮河風光帶品嘗南京特色小吃，如鴨血冬粉湯、小籠包等，同時欣賞南京的夜景。
第二天。上午前往南京博物院，了解中國的歷史和文化，下午遊覽中山陵和明孝陵，感受中國近代歷史的滄桑和民族精神的偉大，晚上參觀雨花颱風景區和中國革命歷史紀念地。
第三天。上午參觀南京大屠殺紀念館，了解南京大屠殺的歷史和真相，下午前往玄武湖公園，享受南京最大的城市公園之一的自然之美和生活氣息，晚上遊覽南京1912街區，體驗南京的現代氣息和歷史文化。
此外，南京還有許多其他值得一游的地點，如棲霞山、雞鳴寺、先鋒書店等。在南京期間，不妨嘗試一些當地的特色美食，如哎抖豬蹄、朱記小鄭酥燒餅、蟹黃面等。住宿方面，建議選擇夫子廟附近的三年內新開連鎖酒店，交通便利且靠近多個景點。